ศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ ในประเทศไทย ได้เริ่มกำเนิดขึ้นเมื่อประมาณ ปี พ.ศ. ๒๔๙๖-๒๕๐๐ โดยพระพิมลธรรม (อาจ อาสภมหาเถร) สังฆมนตรีว่าการองค์การปกครอง(สมัยพระราชบัญญัติการปกครองคณะสงฆ์ พ.ศ. ๒๔๘๔) อธิบดีสงฆ์ (เจ้าอาวาส) วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ องค์ทุติยสภานายกมหาวิทยาลัย มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยในพระบรมราชูปถัมภ์ ซึ่งมีสมณศักดิ์สุดท้ายเป็นที่สมเด็จพระพุฒาจารย์ ได้เดินทางไปดูกิจการพระพุทธศาสนาที่ประเทศพม่าและศรีลังกา เห็นพระสงฆ์ในประเทศพม่าและศรีลังกาจัดระเบียบการสอนศีลธรรมแก่เด็กและเยาวชนได้ผลดีมาก และจัดการสอนเฉพาะวันอาทิตย์ เมื่อท่านเดินทางกลับมาประเทศไทย จึงได้ปรารภถึงการสอนศีลธรรมของพระสงฆ์ในประเทศพม่า และศรีลังกาแก่พระเจ้าหน้าที่บริหารและพระนิสิตของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และมีดำริว่า "โรงเรียนพุทธศาสนาวันอาทิตย์ สมควรจะได้จัดให้มีขึ้นในประเทศไทยบ้าง เพราะว่าเด็กและเยาวชนมีความสนใจในพระพุทธศาสนาอยู่แล้ว ซึ่งจะทำให้เป็นกำลังสำคัญของพระพุทธ ศาสนาต่อไป และยังเป็นการส่งเสริมในด้านการเผยแผ่พระพุทธศาสนาอีกประการหนึ่ง อีกทั้งเป็นการให้โอกาสแก่เด็ก และเยาวชนได้ศึกษา และรู้จักหลักธรรมในพระพุทธศาสนาได้ถูกต้องตามสมควรแก่วัยของตน" ประกอบกับในสมัยนั้น พระเจ้าหน้าที่และพระนิสิตของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้นำบุตรหลานของข้าราชการ พ่อค้า และประชาชนทั่วไป ที่สนใจมาฟังบรรยาย ฝึกสมาธิในวันอาทิตย์ ซึ่งพากันวิ่งเล่นบริเวณลานอโศกวัดมหาธาตุฯ มาเล่านิทานและสอนธรรมะ นอกจากนั้น ทางโรงเรียนและมหาวิทยาลัยต่างๆ ได้อาราธนาพระสงฆ์ดังกล่าวไปสอนธรรมะอบรมศีลธรรมแก่นักเรียนและนักศึกษาอีกด้วย ดังนั้น พระเจ้าหน้าที่และพระนิสิตมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย จึงดำเนินการขอเสนออนุมัติต่อทางสภามหาวิทยาลัย เพื่อเปิดสอนโรงเรียนพุทธศาสนาวันอาทิตย์ขึ้น ได้รับอนุมัติให้เปิดทำการสอนเมื่อวันที่ ๑๓ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๐๑จึงนับได้ว่าเป็นโรงเรียนพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์แห่งแรกในประเทศไทย หลังจากนั้น ก็ได้รับความสนใจ มีการจัดตั้งขยายไปยังวัดต่างๆ ทั่วประเทศ

ต่อมาทางราชการจึงได้พิจารณาเห็นว่า สภาพสังคมไทยกำลังเปลี่ยนแปลงไปจากสังคมเกษตรกรรมเป็นสังคมอุตสาหกรรม ประชาชนส่วนใหญ่ต่างก็มุ่งแต่จะประกอบภารกิจเกี่ยวกับอาชีพการงานที่รัดตัว โดยไม่มีเวลาสนใจเข้าวัดปฏิบัติธรรมหรือประพฤติตนในฐานะเป็นพุทธศาสนิกชนที่ดี เด็กและเยาวชนที่เกิดมาในครอบครัวชาวพุทธ จึงขาดแบบอย่างที่ดีในการประพฤติปฏิบัติตนตามหลักของพระพุทธศาสนา ดังนั้น หากทางราชการสนับสนุนให้วัดในฐานะที่เป็นศูนย์กลางของชุมชนได้จัดตั้งโรงเรียนพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ขึ้นโดยเน้นให้พระสงฆ์ เป็นผู้อบรมสั่งสอน ก็จะเป็นการส่งเสริมให้เด็กและเยาวชนได้รับการอบรมปลูกฝังคุณธรรมจริยธรรมตั้งแต่วัยการศึกษา และได้ใช้เวลาว่าง จากวันหยุดการศึกษาได้ศึกษาหลักธรรมทางพระพุทธศาสนาและนำไปประพฤติปฏิบัติในชีวิตประจำวันได้ถูกต้องตามสมควรแก่วัย ทั้งยังเป็นการส่งเสริมและสนับสนุนให้วัดมีบทบาทในการปฏิบัติภารกิจด้านการศึกษาสงเคราะห์และเสริมสร้างความสัมพันธ์ระหว่างบ้าน วัด และโรงเรียน ให้เป็นเอกลักษณ์ของวิถีชีวิตในสังคมไทยตลอดไป

ด้วยเหตุนี้ กรมการศาสนาในฐานะเป็นหน่วยงานของรัฐที่มีหน้าที่ในการรับสนองงานการพระศาสนา โดยเฉพาะพระพุทธศาสนาที่ต้องทำนุบำรุงส่งเสริมเป็นพิเศษในฐานะที่เป็นศาสนาที่ประชาชนส่วนใหญ่นับถือมาตั้งแต่บรรพกาล จึงได้จัดตั้งโครงการส่งเสริมการศึกษาศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ ตั้งแต่ปีงบประมาณ ๒๕๒๐ เป็นต้นมา โดยในระยะแรกได้จัดสรรงบประมาณอุดหนุนวัดต่างๆ ที่ได้เห็นความสำคัญของการเผยแผ่ ปลูกฝังศีลธรรมแก่เด็กและเยาวชนในรูปแบบ การศึกษาสงเคราะห์ โดยการจัดตั้งโรงเรียนพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ เพื่อสอนวิชาพระพุทธศาสนาขึ้นในวัด และดำเนินการโดยพระสงฆ์ด้วยงบประมาณที่จำกัด ซึ่งต่อมาจึงได้เสนอโครงการส่งเสริมต่อรัฐบาลเพื่อให้ได้รับงบประมาณสนับสนุนมากขึ้น ซึ่งรัฐบาลทุกสมัย ได้เห็นความสำคัญของงานด้านนี้ว่า เป็นการพัฒนาคุณธรรมจริยธรรมสู่ประชาชนที่มีเด็กและเยาวชนเป็นเป้าหมายที่สำคัญ จึงได้มีนโยบายส่งเสริมสนับสนุนด้านงบประมาณอย่างต่อเนื่องทุกปี